Con el objetivo de prevenir la presencia de residuos de agroquímicos en el café, ocasionadas por malas prácticas de aplicación y por consiguiente cumplir con las leyes de seguridad alimentaria internacionales, Almacafé establece desde el año 2005 el Programa de Empresa Certificada PEC.
El programa desarrolla diferentes medidas de monitoreo y control en sus instalaciones y bodegas de almacenamiento de café, con el fin de realizar un manejo serio e integrado de plagas soportado bajo procedimientos y registros con el apoyo técnico de Degesch de Chile.